El 10 de diciembre de 1883 el provincial fray Jesús Castillo, en presencia del obispo Bonifacio Toscano, terciario franciscano, tomó posesión del terreno y casas denominados "Aposentos", donación hecha mediante escritura pública a la comunidad franciscana por la señorita Leonor Jiménez. Al año siguiente se estableció la primera comunidad. El 10 de enero de 1887 el provincial fray Guillermo Gaitán inaugura la nueva capilla. El templo actual se inició en 1924.
De 1951 a 1968 fue casa de noviciado.El convento volvió a ser sede del noviciado por decreto del 13 de enero de 1978, del definitorio general, lo transfirió del convento de San Buenaventura. El 10 de enero el obispo de Zipaquirá Monseñor Rubén Buitrago Trujillo manifestaba su "agrado con que recibo la noticia de la implantación de la casa noviciado en el convento de San Luis de Ubaté. De mi parte aplaudo y apruebo esta iniciativa".
El claustro antiguo, sede del noviciado, y el templo fueron sometidos a importantes obra de remodelación que habiéndose iniciado en octubre de 1989, con el templo, culminaron exitosamente en octubre de 1991.
De 1951 a 1968 fue casa de noviciado.El convento volvió a ser sede del noviciado por decreto del 13 de enero de 1978, del definitorio general, lo transfirió del convento de San Buenaventura. El 10 de enero el obispo de Zipaquirá Monseñor Rubén Buitrago Trujillo manifestaba su "agrado con que recibo la noticia de la implantación de la casa noviciado en el convento de San Luis de Ubaté. De mi parte aplaudo y apruebo esta iniciativa".
El claustro antiguo, sede del noviciado, y el templo fueron sometidos a importantes obra de remodelación que habiéndose iniciado en octubre de 1989, con el templo, culminaron exitosamente en octubre de 1991.